Begur se encuentra en la comarca del Baix Empordà. Forma parte de la zona que se conoce como el Empordanet.
El clima de la comarca de El Baix Empordà es Mediterráneo Litoral Norte, aunque localmente, en su interior tiene características de un clima Mediterráneo Prelitoral Norte. El régimen térmico en verano es relativamente caluroso, mientras que en invierno es moderado, siendo casi suave en la costa norte. Así, la amplitud térmica anual es baja. La media de temperaturas es templada por su situación frente al mar, teniendo los meses de enero más cálidos de Cataluña (11 °C de media) y un agosto relativamente fresco (24 °C de media). Sólo se consideran áridos en julio y agosto. El período con probabilidad de heladas queda comprendido entre los meses de noviembre y marzo.
La distribución de la precipitación en la comarca del Baix Empordà es bastante regular a lo largo de todo el año, aunque hay un máximo destacado en otoño, con un total anual escaso.
En el Baix Empordà cabe destacar tres vientos: